Aktiviti perancangan dan pembangunan di KKM bermula dengan penubuhan 3 seksyen pada tahun 1956 selaras dengan bermulanya Rancangan Malaya Lima Tahun yang pertama. Seksyen tersebut adalah seperti berikut:
  1. Seksyen Perancangan dan Perlaksanaan yang melaksanakan perancangan makro dan mikro, kawalan perbelanjaan, perlaksanaan projek yang diluluskan dan laporan kemajuan pelaksanaan projek
  2. Rekod Perubatan dan Statistik Kesihatan yang melaksanakan fungsi berkaitan pengumpulan,penganalisaan, laporan dan penyebaran data dan maklumat bagi tujuan perancangan, pengurusan dan membuat keputusan, penyelidikan serta penilaian
  3. Operasi dan Penyelidikan untuk melaksanakan penilaian program dan perkhidmatan termasuk membuat tinjauan serta kajian fesibiliti dan keberkesanan operasi
 
Bahagian Perancangan dan Pembangunan (BPP) ditubuhkan pada Januari 1972. Pada waktu itu BPP berperanan menyediakan khidmat sokongan teknikal bagi proses penggubalan, pelaksanaan, pemantauan dan penilaian Rancangan Malaysia Lima Tahun. Bahagian ini telah melalui pelbagai perubahan untuk meningkatkan lagi prestasi agar ianya seiring dengan keperluan Perancangan dan Pembangunan sistem kesihatan. Semenjak penubuhannya, berdasarkan keperluan fungsi, BPP telah mengalami beberapa perubahan organisasi berdasarkan fungsi-fungsi tertentu.
 
Pada tahun 1981, berikutan dari penyelidikan yang dilaksanakan bersama Pertubuhan Kesihatan Sedunia, unit perubatan dan statistik kesihatan telah dinaiktaraf kepada Unit Sistem Maklumat dan Dokumentasi yang bertanggungjawab terhadap pengumpulan dan pengeluaran laporan berkenaan kesihatan di KKM.
 
Pada tahun 1990an, dengan berlakunya reorganisasi di bawah Sistem Saraan Baru (SSB), beberapa jawatan pengurusan telah diwujudkan untuk melaksanakan projek fisikal, memantau kemajuan perlaksanaan projek serta pengagihan dan kawalan perbelanjaan pembangunan.
 
Pada tahun 2006, selaras dengan Sistem Saraan Malaysia (SSM), seluruh KKM telah distruktur semula termasuk BPP. Pada masa itu, dua Cawangan telah diwujudkan iaitu :
  1. Cawangan Perancangan yang melaksanakan fungsi perancangan kesihatan makro, perancangan fasiliti/projek kesihatan dan data kesihatan serta
  2. Cawangan Pembangunan yang melaksanakan fungsi pengagihan dan pengawalan peruntukan serta pemantauan pelaksanaan projek kesihatan.
Merujuk kepada surat Bahagian Pengurusan Belanjawan, Kementerian Kewangan Malaysia, Bilangan KK/BPB (9.00)202/1/2-1JD.92S.K.5(3) bertarikh 30 Ogos 2012, BPP telah dipecahkan kepada dua (2) Bahagian berasingan berkuatkuasa 1 September 2012, berikutan dengan usaha untuk memantapkan fungsi Cawangan Pembangunan. Kini Bahagian Perancangan melaksanakan 3 fungsi utama :
  1. Perancangan Dasar dan Sistem Kesihatan
  2. Perancangan Fasiliti Kesihatan
  3. Perancangan, pengurusan dan pembangunan sistem maklumat kesihatan
Ketiga-tiga fungsi tersebut kini dilaksanakan oleh unit-unit berikut:
  1. Perancangan Dasar dan Pelan Kesihatan (PDPK)
  2. National Health Financing(NHF)
  3. Perancangan Fasiliti Kesihatan (PFK)
  4. Pusat Informatik Kesihatan (PIK)
  5. Malaysia National Health Accounts (MNHA)
  6. Pentadbiran & Kewangan
Sumber : Buku Laporan Tahunan 2013